In New York City des Jahres 1994 geraten der in Brooklyn lebende Noah und die ehrgeizige Archäologin Elena in ein Abenteuer, das sie rund um die Welt führt. Zusammen mit Optimus Prime und den Autobots werden sie in einen uralten Konflikt hineingezogen, der nicht nur die Autobots und die Decepticons betrifft.

Drei neue Transformer- Fraktionen, die Predicons, Maximals und Terrorcons, werden in den Konflikt eingebunden. Damit bekommen es die Autobots also nicht nur mit neuen Gegnern zu tun, sondern auch mit neuen Gefährten. Dabei wird auch gezeigt, wie Optimus Prime zum Anführer der Autobots wurde.